UDP糖|ndp -糖活性SDR酶的結構-功能關系:功能注釋和酶工程的指紋圖譜
短鏈脫氫酶/還原酶活性核苷酸糖(簡稱NS-SDR)在稀有UDP糖和糖苷的生物合成中至關重要。
由于它們在代謝紊亂或毒力因子生物合成中的直接影響,一些家族成員已經被廣泛地描述。在這篇綜述中,我們將通常只關注一種NS-SDR活性的研究收集到的知識與所有不同的NS-SDR家族(169076個酶序列)的深入分析和概述相結合。
通過這種基于結構的多序列比對從公共數據庫中檢索到的nssdrs,我們可以識別出關鍵殘基的保存和相關性的清晰模式。在此分析的支持下,我們建議更新并擴展所有NS-SDR酶的udp -半乳糖4-異丙基嘌呤酶的“六方盒模型”為“七方盒模型”。
這個特異性模型包括七個保守區域圍繞在UDP糖底物周圍,作為每個特異性的指紋。
本綜述中所突出的特異性指紋圖譜,將有助于對大量NS-SDR酶的功能注釋,并對今后以稀有和特殊碳水化合物生物合成為重點的酶工程工作提供指導。
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