親和層析又稱功能層析(Function Chromatography)。其原理是：利用生物大分子與其特異性配基之間的特異結合能力的特性，先將配基交聯到層析介質上，制成親和層析介質。將含有該生物大分子的待分離樣品上樣后，該生物大分子將被特異性吸附在親和層析介質上，而樣品中的其它物質全部流穿被去除;在改變洗脫條件時，就可以把被特異性吸附的生物分子洗脫下來。一種親和層析介質只能用于一種或有限的一類生物分子的分離純化。理論上，所有的能特異性結合的配基對均能利用親和層析原理，制成親和層析介質，用于其配基的分離純化。

　　將具有特殊結構的親和分子制成固相吸附劑放置在層析柱中，當要被分離的蛋白混合液通過層析柱時，與吸附劑具有親和能力的蛋白質就會被吸附而滯留在層析柱中。那些沒有親和力的蛋白質由于不被吸附，直接流出，從而與被分離的蛋白質分開，然后選用適當的洗脫液，改變結合條件將被結合的蛋白質洗脫下來，這種分離純化蛋白質的方法稱為親和層析。利用共價連接有特異配體的層析介質分離蛋白質混合物中能特異結合配體的目的蛋白或其它分子的層析技術。

　　親和層析是一種吸附層析，抗原(或 抗體)和相應的抗體(或抗原)發生特異性結合，而這種結合在一定的條件下又是可逆的。所以將抗原(或 抗體)固相化后，就可以使存在液相中的相應抗體(或抗原)選擇性地結合在固相載體上，借以與液相中的其他蛋白質分開，達到分離提純的目的。

　　此法具有**、快速、簡便等優點。