Cy3 phosphoramidite，182873-76-3，熒光標記單體的結構合成

Cy3 Phosphoramidite 是基于Cyanine3（Cy3）染料結構開發的一種專用于寡核苷酸（DNA、RNA）合成的熒光標記單體。該化合物結構包括三部分：熒光基團Cy3、一個柔性的鏈狀連接臂（一般為六碳或PEG衍生鏈）和一個磷酰胺基團（phosphoramidite），用于參與自動化固相合成反應。Cy3部分為兩個吲哚類芳香環通過三亞甲基橋相連，形成典型的對稱花青類染料骨架，賦予其明亮的橙紅色熒光（λ_ex ≈ 550 nm，λ_em ≈ 570 nm）。其結構穩定性和高量子產率使其在核酸標記領域具價值。

該分子的合成路線大致如下：首先從兩分子的吲哚啉衍生物出發，在堿催化條件下通過Knoevenagel縮合反應形成Cy3染料母核；隨后，通過碳鏈延伸引入伯醇基團，在該位點引入六碳或PEG型連接臂；接著，該連接臂末端的羥基與氯二異丙基氨基膦（Cl–P(NiPr?)?）反應，生成具有活性的亞磷酰胺結構。此結構對濕氣為敏感，因此需在無水、無氧條件下完成，包括使用干燥的二氯甲烷或乙腈作為溶劑，反應中常添加少量三乙胺作為堿性助劑。終產物通過硅膠柱純化，并用HPLC進一步分離出高純品。質譜和NMR（1H、31P）用于驗證分子結構完整性。Cy3 phosphoramidite 可在DNA/RNA自動合成儀中直接用作5’-端熒光修飾單體，是高靈敏分子探針、實時PCR探針、FISH探針和核酸微陣列等技術中的核心標記試劑。

英文名稱： Cy3 phosphoramidite

中文名稱： Cy3 phosphoramidite

MF： C59H72ClN4O5P

MW： 983.67

CAS： 915700-76-4

純度：95%+

性狀：基于不同的分子量，呈白色 / 類白色固體，或液體。

溶劑：溶于二氯甲烷、DMSO、水等常規有機溶劑。

儲藏條件：-20°C干燥避光保存

包裝規格：50mg  100mg  250mg  500mg（按需提供）

齊岳生物供應近紅外熒光花菁染料標記各種官能團的定制服務，如活性酯（NHS酯）、馬來酰亞胺（MAL）、疊氮（N?）、炔基（alkyne）等，便于與蛋白質、肽、多糖、抗體、寡核苷酸、納米顆粒等共價偶聯。

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