CAP-C交聯技術聚酰胺-胺型樹枝狀的新型多功能交聯劑

染色體構象是指染色體不同的折疊形式，它與轉錄復制等等過程都密切相關。之前對染色體構象的捕捉方式往往是通過甲醛將DNA與蛋白交聯后用內切酶或DNAase對其進行切割，之后進行測序分析比對。這種方式存在很多的問題，先內切酶存在很大的背景，分辨率不夠；其次甲醛交聯反應可逆，不夠穩定；DNase在切割的過程中也存在一定的偏好性。本篇文章就開發了在UV照射后可以直接與DNA發生交聯的高分子。他們將利用這一新型高分子進行染色質構象捕捉的技術命名為CAP-C。

CAP-C技術中使用的高分子是一種聚酰胺-胺型樹枝狀的新型多功能交聯劑，它具有可以**調整長度的優勢。他們在一半的胺基上連接了補骨脂素(psoralen)，這一小分子可以在UV照射下交聯DNA，在其余的胺基上則被加上了酰基使其更易與細胞相互作用。他們還在高分子表面連接了疊氮把手，之后可以與雙功能的橋連分子連接。

在開發了這一小分子后，他們在固定好的染色體上證實了這一小分子確實可以實現對染色體結構的捕捉，并且這種捕捉的背景大大的降低了。接著他們在實際的體系內對CAP-C和傳統的Hi-C進行了對比。他們發現在短程（1-20kb）的相互作用鑒定上，CAP-C的效果要比Hi-C好6-8倍，而且之前Hi-C鑒定到的特殊結構在CAP-C方法中可以同樣被檢測到。利用CAP-C的方法，他們還發現在這些短程的相互作用中存在更多的組蛋白修飾。

利用CAP-C的方法他們還發現了很多的非環狀結構。之前對染色質構象的研究大多集中在環狀區域，但是CAP-C發現了很多沒有明顯的區域選擇性的非環狀區域，它們結構更小并且在邊界上缺乏CTCF motif。他們還利用了CHIp-seq技術發現了在非環狀區域有更多的組蛋白修飾，并且他們發現**轉錄后非環狀區域內的染色質相互作用大大降低了，文章認為環狀結構域與非環狀結構域的分子機制有很大的不同。

由于采用的樹狀高分子的大小可以**的控制，CAP-C可以實現對不同大小區域的觀測。文章中使用小的樹狀高分子捕獲到了更多B區室的相互作用，大的樹枝狀高分子則更多的捕獲A區室的相互作用。并且這一結論在高分辨的尺度依然成立。因此研究人員認為這一工具可以實現在更小的基因組（如果蠅）內鑒定染色質的三維結構。

  較后，文章還指出在**轉錄的過程中他們次發現部分區域的染色質相互作用增加了。這些區域一般存在多個啟動子的相互作用，在**轉錄后，RNA聚合酶的水平**上升，而此前有研究聲稱聚合酶在體內通過相分離形成聚合體，因此文章認為這一現象很有可能和相分離相關，但還需要實驗驗證。